Библиотека Полтавской Миссионерской Духовной Семинарии (общий фонд более 21000 томов) состоит из 2 частей: а) научный отдел (в здании Семинарии): до 14000 книг, 320 слайдов, 304 диска, 203 видеокассеты, 74 аудиокассеты б) абонемент общего пользования (при Свято-Николаевском соборе) до 7000 томов. Преподавание ведется по учебным пособиям (учебникам, конспектам) Московской и Киевской Духовных семинарий, Свято-Тихоновского Православного гуманитарного университета, а также индивидуальным конспектам, разработанным преподавателями ПМДС.
Изданы в виде отдельных книг составленные преподавателями учебники, конспекты и пособия: 1. Лебедев Б. Б. Обиход (ч. 1: Всенощное бдение; ч. 2: Божественная Литургия). Комсомольск, 3 издания: 1998, 2001, 2003 2. Галака А., диак. Церковный Устав (в 3-х частях). Комсомольск, 2000, 2001. 3. Зверев Г., прот. Пастырское душепопечение в геронтологии. Санкт-Петербург, 2003. 4. Лебедев Б. Б. История богослужебного пения. Комсомольск, 2004. 5. Каличина С. Б. Хоровое сольфеджио. Сданы в печать подготовленные преподавателями Семинарии книги: 1. Лебедев Б. Б. Обиход, в 2-х ч.ч., изд. 4-е, перераб. и дополн. 2. Носенко А., свящ. Пособие по литургике.
Кроме того, Полтавская Миссионерская Духовная Семинария за время своего существования переиздала большими тиражами 24 наименования учебной литературы по различным дисциплинам, в т. ч.: по Священному Писанию Ветхого Завета и Нового Заветов, катехизису, Церковному уставу, церковнославянскому языку, святоотеческому богословию и патрологии, догматическому богословию, общецерковной истории, истории Православия на Руси, сравнительному богословию, пастырскому богословию, православной педагогике; нотные сборники.
При библиотеке имеется читальный зал, время работы которого с 15-00 до 20-45. В читальном зале воспитанники Семинарии занимаются в свободное время, работают с каталогом, а также знакомятся с новыми поступлениями в библиотеку при помощи постоянно действующей выставки «Новые книги». Для постоянного пользования в читальный зал выданы полный набор богослужебных книг, «Большая Советская Энциклопедия», «Настольная книга священнослужителя», «Музыкальная Энциклопедия», «Энциклопедия Украины», «Географическая Энциклопедия», «Энциклопедия. Мир животных», «Историческая энциклопедия», «Литературная энциклопедия», «История городов и сел Украины» и другие книги.
Кроме воспитанников и преподавателей Семинарии, читальным залом по благословению Ректора ПМДС УПЦ, Высокопреосвященнейшего митрополита Филиппа, пользуются также преподаватели и студенты различных светских учебных заведений для написания научных творческих работ. Выходные дни библиотеки: среда и суббота.