У зв’язку із запровадженням Кабінетом Міністрів України від 25 березня 2020 року режиму надзвичайної ситуації на всій території України та продовженням карантинних заходів, з благословення ректора Високопреосвященнішого митрополита Полтавського і Миргородського Филипа, в Полтавській місіонерській духовній семінарії продовжено карантин до 24 квітня. Терміни карантину можуть змінитися.
29 березня 2020 року, в Неділю 4-ту Великого посту, преподобного Іоанна Ліствичника, віцеректор Полтавської місіонерської духовної семінарії Преосвященніший єпископ Новосанжарський Веніамін звершив Божественну літургію ієрейським чином у Трьохсвятительському храмі Семінарії у співслужінні духівника протоієрея Георгія Граба та викладачів у священному сані.
25 березня 2020 року, з благословення ректора Високопреосвященнішого митрополита Полтавського і Миргородського Филипа, Іконописна школа імені прп. Порфирія Кавсокаливіта Полтавської місіонерської духовної семінарії провела онлайн-конференцію «Актуальні питання християнської іконографії: традиції та сучасність».
22 березня 2020 року, в Неділю 3-ю Великого посту, Хрестопоклонну та день пам’яті 40 мучеників, які у Севастійському озері мучились, віцеректор Полтавської місіонерської духовної семінарії Преосвященніший єпископ Новосанжарський Веніамін звершив Божественну літургію ієрейським чином у Трьохсвятительському храмі Семінарії у співслужінні викладачів у священному сані. Під час богослужіння були вжиті всі можливі заходи протиепідемічної безпеки.
15 березня 2020 року, в Неділю 2-гу Великого посту, свт. Григорія Палами та Собор всіх преподобних отців Києво-Печерських, віцеректор Полтавської місіонерської духовної семінарії Преосвященніший єпископ Новосанжарський Веніамін звершив Божественну літургію у Трьохсвятительському храмі Семінарії у співслужінні викладачів у священному сані.
У зв’язку із загрозою поширення коронавірусної інфекції в Україні та для недопущення поширення COVID-19, з благословення ректора Високопреосвященнішого митрополита Полтавського і Миргородського Филипа, відповідно до Наказу, з 14 березня по 3 квітня 2020 року в Полтавській місіонерській духовній семінарії введено карантин. Тривалість карантину може змінитися.
Завершила роботу виставка сакрального живопису Іконописної школи імені преподобного Порфирія Кавсокаливіта ПМДС «ДИВНИЙ БОГ У СВЯТИХ СВОЇХ», яка діяла у Виставковій залі міста Горішні Плавні, з благословення Високопреосвященнішого митрополита Полтавського і Миргородського Филипа, з 12 лютого по 8 березня 2020 року.
8 березня 2020 року, в Неділю першу Великого посту, Торжества Православ’я, віцеректор Полтавської місіонерської духовної семінарії Преосвященніший єпископ Новосанжарський Веніамін звершив Божественну літургію у Трьохсвятительському храмі Семінарії у співслужінні викладачів у священному сані.
6 березня 2020 року, в п'ятницю першої седмиці Великого посту, в Полтавській місіонерській духовній семінарії відбулися спільні для вихованців духовної школи Сповідь і Причастя Святих Христових Таїн.
Упродовж першого тижня Великого посту в Трьохсятительському храмі Полтавської місіонерської духовної семінарії, а також у всіх храмах міста Горішні Плавні, звершуються уставні богослужіння: вечірня, велике повечір'я, утреня, часи, зображальні, у середу та п'ятницю – Літургія Передосвячених Дарів.
Послання ректора Полтавської місіонерської духовної семінарії Високопреосвященнішого митрополита Полтавського і Миргородського Филипа з нагоди початку святого і Великого посту пастирям і пастві, монахам і монахиням і всім вірним чадам Полтавської єпархії Української Православної Церкви.
1 березня 2020 року, в Прощену неділю ввечері, у Трьохсвятительському храмі Полтавської місіонерської духовної семінарії було звершено вечірнє богослужіння, за яким молився духівник Семінарії протоієрей Георгій Граб, викладачі, студенти духовної школи та парафіяни.