Постановлением Священного Синода УПЦ от 27 декабря 2002 года Духовное училище Полтавской епархии было реорганизовано в Миссионерское Духовное училище Украинской Православной Церкви. В связи с этим пастырско-богословское отделение было реорганизовано в богословско-миссионерское, что позволило давать богословское образование также и лицам женского пола, с последующим преподаванием ими не только в воскресных школах и на катехизаторских курсах, но и предметов христианского содержания в системе светского образования. Сегодня 21 человек из числа выпускников преподают в светских школах (параллельно получая светское педагогическое образование).
В 2006 году в Миссионерском Духовном училище Украинской Православной Церкви было открыто иконописное отделение.
Именно в период существования Миссионерского Духовного училища УПЦ (2002-2007 г.г.) были полностью освоены все помещения училищного комплекса.
Построено 4 сарая для хозяйственных работ.
Для улучшения теплоизоляции продолжалась установка металлопластиковых стеклопакетов в жилых комнатах и учебных классах.
Была установлена система автономного водоснабжения; скважина водозабора сертифицирована санитарно-эпидемиологической службой.
В 2006-2007 г.г. над 4 из пяти зданий Духовной школы была возведена крыша из металлической черепицы.
Оборудовано помещение для мастерской резьбы по дереву, где студенты и учащиеся воскресной школы получили возможность учиться вырезать из различных сортов дерева церковную утварь от панагий и наперсных крестов до иконостасов. Живым свидетельством тому остается иконостас студенческого храма преподобного Нестора Летописца, законченный в год получения училищем статуса Семинарии и иконостас храма преподобной Ксении Петербургской - первый храм, в котором началась совершаться Божественная литургия в г. Комсомольске.
Были приобретены компьютері, один из которых был передан в библиотеку училища для возможного использования студентами электронных носителей при написании письменных работ и для формирования своей личной библиотеки.
Окончательно оформился преподавательский бокс, в котором были обустроены 3 двухместных кельи для приезжих преподавателей и гостевая комната для родителей студентов.
В этот же период было уделено особое внимание и внутреннему убранству училища; оно было украшено стендами:
фотографий и икон святых, имевших непосредственное отношение к Полтавской епархии и Духовной школе;
выпусков Духовного училища Полтавской епархии и Миссионерского Духовного училища Украинской Православной Церкви (первой фотографией на этом стенде стала найденная в архивах Ректором училища, на тот момент епископом Полтавским и Кременчугским Филиппом, выпускная фотография Полтавской Духовной Семинарии 1917 г., тем самым, видна связь и преемство духовных школ Полтавщины);
«Фотохроники», который стал отчетным стендом самых значительных миссионерский мероприятий за прошедший учебный год;
фоторабот Православной международной фотовыставки «В мгновении - вечность!», которая и по сей день пополняется работами наших студентов и преподавателей;
географических карт Украины с отметками наиболее известных православных монастырей и исторических архитектурных памятников;
В этот же период училище начало собирать свой музейный фонд, который в какое-то время превратится в музей Полтавской Миссионерской Духовной Семинарии.
Начали проводиться футбольные турниры как между студентами, студентами и преподавателями, так и между местными дворовыми командами. Апогеем футбольных игр стало участие в 2005 г. в городском футбольном турнире.
В 2004 г. учащиеся Миссионерского училища принимали участие и в городских интеллектуальных играх «Что? Где? Когда?», где среди команд старшеклассников школ и местных средних профессиональных учебных заведений заняли 1-е место.
С 2006 г. в студенческом храме преп. Нестора Летописца начали, кроме традиционных Божественных литургий свтт. Иоанна Златоуста, Василия Великого и Григория Двоеслова совершать и древний чин Литургии св.апостола Иакова, брата Господня.
Начиная с 2004 г. неотъемлемым элементом Актовых и Миссионерских дней Миссионерского училища стало проведение не только концертов в Городском доме культуры и творчества и Актовом зале Миссионерского Духовного училища, но и выставок в Городском выставочном зале. Так в 2004 г. была открыта выставка церковных древностей «Свете Тихий», в 2005 г. проведена Православная международная фотовыставка «В мгновении -вечность!», в 2006 г. выставка картин храмов Полтавской епархии, разрушенных в безбожное время «Придите поклонимся».
Студенты училища принимали активное участие в подготовке и работе в 2003 г. 1-го Миссионерского съезда Украинской Православной Церкви, в 2003 г. и 2006 г. 1-ого и 2-ого Православного педагогических съездов соответственно.
В 2006 г. впервые педагогическая деятельность студентов Миссионерской духовной школы вышла далеко за рамки теории и практических уроков преподавания в Духовно-просветительском центре при Свято-Николаевском соборе г.Комсомольска. Учащиеся училища были направлены для прохождения практики в летние православные лагеря Полтавской епархии «Орлятко» и «Дзвоник».
С 2006 г. как на базе Миссионерского Духовного училища, так и на базе Свято-Ольгинского храма г. Киева, студенты и преподаватели нашей Духовной школы принимали активное участие в семинарах и тренингах противодействия торговли людьми, профилактики заболевания СПИДом, документального оформления проектов социального направления и др.
На протяжении всего этого периода училище возглавлял архиепископ Полтавский и Кременчугский, Филипп (Осадченко).
Обязанности проректора училища исполнял: 2002-2004 г.г. - протоиерей Игорь Старынин.
Заведовали канцелярией: 2002-2004 г.г. - Погребной В.В.; 2004-2007 г.г. - диакон Сергий Лисовский.
Обязанности инспектора училища исполняли: 2002-2004 г.г. - диакон Александр Галака. 2004-2007 г.г. - протоиерей Владимир Погребной.
В этот период в Миссионерском Духовном училище Украинской Православной Церкви преподавали:
проректор протоиерей Игорь Старынин: Патрология, Догматическое богословие, Миссиология;
духовник протоиерей Георгий Граб: Христианская этика;
секретарь, позже инспектор, протоиерей Владимир Погребной: Священное Писание Нового и Ветхого Заветов;
заведующий богословско-миссионерским отделением протоиерей Евгений Паламарь: Философия и Апологетика;
протоиерей Георгий Зверев: Пастырское богословие и Практическое руководство для пастырей;
иерей Сергий Коваленко: История Православия на Руси,
иерей Константин Маслов: Библейская история, Катехизис;
иерей Василий Фазан: Православная педагогика, История Украины;
иерей Михаил Павлюк: Сектоведение;
иерей Анатолий Боярчук: Нравственное богословие, Иконоведение, Библейская история;
иерей Василий Бабич: Миссиология;
иерей Александр Носенко: Догматическое богословие, Патрология;
диакон Александр Галака: Церковный устав, Греческий язык;